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Der Vorstand führt die Geschäfte des Verbands, vertritt den Verband und die Interessen der Mitglieder gegenüber Politik, Öffentlichkeit und im genossenschaftlichen Verbund.

Stefan Müller ist seit August 2024 Verbandspräsident und Vorstandsvorsitzender des Genossenschaftsverbandes Bayern (GVB). Der Dipl. Bankbetriebswirt war zuvor mehrere Jahre in der Finanzwirtschaft tätig, mit Stationen bei einer Großbank und einer bayerischen Genossenschaftsbank. 2002 wechselte er in die Politik und gehörte bis 2024 dem Deutschen Bundestag an. Dort war er einige Jahre Parlamentarischer Geschäftsführer der CSU im Bundestag und von Dezember 2013 bis Oktober 2017 Parlamentarischer Staatssekretär im Bundesministerium für Bildung und Forschung mit den Schwerpunkten Innovation und Forschungsstrategie.
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Alexander Leißl trat nach dem Studium zum Diplom-Kaufmann im Jahr 2008 als Prüfungsassistent in den GVB ein. Als praxiserfahrener Wirtschaftsprüfer wurde er 2018 mit der Leitung des Bereichs Prüfung Banken betraut. Seit Oktober 2023 gehört er dem GVB-Vorstand an.
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Über die Gremien sind die Mitglieder in die Verbandsarbeit eingebunden.
Die Gremienvertreter werden aus den Reihen der Mitglieder per Wahl bestimmt.
Der Verbandsrat des Genossenschaftsverbands Bayern (GVB) besteht aus 18 Mitgliedern und repräsentiert alle Genossenschaftsgruppen. Kernaufgabe des Verbandsrats ist die Überwachung der Geschäftsführung des Vorstands und die Würdigung seiner Berichte. Bei Entscheidungen von grundsätzlicher verbandspolitischer Bedeutung muss der Verbandsrat zustimmen.
Dr. Gerhard Walther
Vorsitzender des Vorstands der VR-Bank Mittelfranken Mitte eG
Albert Griebl
Vorstandssprecher der VR-Bank Rottal-Inn eG
Dr. Wolfgang Seel
Vorstandsvossitzender der VR-Bank Neu-Ulm
Helmut Wiedemann
Geschäftsführendes Vorstandsmitglied
BÄKO München Altbayern und Schwaben eG
Die Vertreterversammlung ist die Mitgliederversammlung des Genossenschaftsverbands Bayern im Sinne des §32 BGB. Sie entscheidet über Satzung und Wahlordnung des Verbands und beschließt über Mitgliedsbeiträge sowie den Jahresabschluss. Die Vertreterversammlung setzt sich derzeit zusammen aus 146 gewählten Vertreterinnen und Vertretern der bayerischen Genossenschaftsbanken, Waren- und Dienstleistungsgenossenschaften sowie den gewerblichen Warengenossenschaften.
Der Verbandstag ist die jährliche zentrale Veranstaltung der bayerischen Genossenschaften. Die Vollversammlung mit rund 1.300 Gästen dient zur öffentlichen Darstellung der bayerischen Genossenschaftsorganisation. Aktuelle Themen aus Wirtschaft und Politik mit Relevanz für Genossenschaften stehen auf der Tagesordnung. Darüber hinaus hat der Verbandstag die Aufgabe, über die Verschmelzung sowie die Auflösung des Verbands zu beschließen.
Die Fachausschüsse beraten den GVB-Vorstand sowie den Verbandsrat in Fachfragen und vertreten die Interessen der Mitglieder der genossenschaftlichen Unternehmen. Für jeden Fachausschuss werden 14 Vertreter der jeweiligen genossenschaftlichen Gruppe für vier Jahre gewählt.
Der Verband gliedert sich in sieben regionale Bezirksverbände. Diese fördern die Interessen der Mitglieder, pflegen den Erfahrungsaustausch und unterstützen den Verband bei seinen Aufgaben. Die Organe eines Bezirksverbands sind der Vorsitzende (Bezirkspräsident), der Bezirksverbandsausschuss (BVA) sowie die Mitgliederversammlung. Der BVA berät über die Besetzung der Gremien. Die Mitgliederversammlung wählt den Bezirksverbandsvorsitzenden.